Kościół ten stał w południowo-zachodniej części dzisiejszego placu Szczepańskiego. Został zbudowany w połowie XIII w., a przez następne wieki rozbudowywano go - był jedną z pierwszych świątyń parafialnych miasta. Najwcześniejszy znany nam kościół był budowlą orientowaną, trójnawową, halową. W końcu XVI w. stał się punktem oparcia młodego zakonu jezuitów, którym ostatecznie przekazano go w 1579 r. W XVII w. dobudowana została kaplica w. Ignacego Loyoli, a kompleksową przebudowę wykonano w końcu tego stulecia - m.in. pojawił się nowy wystrój wnętrz, wzniesiono też nową fasadę. W 1732 r. odebrano kościół jezuitom, a w 1758 r. biskup Załuski przekazał go Akademii Krakowskiej. Była to wówczas już mocno zniszczona budowla. W 1797 r. władze austriackie przeniosły parafię do karmelitów na Piasek, a zamknięto ostatecznie kościół w 1801 r. Zburzony został w roku następnym.