Jest to chyba najkrócej istniejący kościół w Krakowie. Znajdował się on tuż za murami Starego Miasta, u wylotu dzisiejszej ul. Kapucyńskiej (w tym miejscu znajduje się dzisiaj Zespół Szkół Ekonomicznych). Zbudowany został dla reformatów, którzy zostali sprowadzeni do Polski w latach 1621-1622 (sprzyjał im m.in. biskup Marcin Szyszkowski). Posesję pod kościół kupiła dla nich Krystyna ze Zborowskich Grochowska. Początkowo urządzono tu kaplicę, refektarz i niewielką infimerię oraz mieszkania dla zakonników. W 1628 r. położono fundamenty pod kościół, ale jego budowa (z powodu kłopotów finansowych, które pomogła pokonać Zuzanna Amendówna) trwała jeszcze dwanaście lat. Dopiero w 1638 r. ukończono prezbiterium, a cały kościół oddano do użytku w roku 1640. W klasztorze istniało studium filozofii i teologii, ale liczba kleryków nie przekroczyła dziesięciu, więc w 1644 r. przeniesiono je do Lwowa. W Krakowie natomiast założono w to miejsce gimnazjum i tzw. dyrektorium dla neoprofosów (rodzaj szkoły średniej przygotowującej do studiów teologicznych). W 1655 r., zaledwie po piętnastu latach istnienia, kościół został spalony - działo się to podczas oblężenia Krakowa przez Szwedów, a rozkaz spalenia tego rejonu przedmieść wydało polskie dowództwo. Po "potopie" rada miejska ze względów bezpieczeństwa nie zgodziła się na powrót reformatów w to miejsce. Skutkiem tego zbudowali oni nowy kościół pod tym samym wezwaniem wraz z klasztorem w ramach murów miejskich (mimo oporu rajców krakowskich).