Kościół ten wzniesiony został prawdopodobnie w drugiej połowie XIV w. przy Rynku Kleparskim. Był początkowa jedną z dwóch świątyń miasta Kleparza (obok kościoła św. Floriana). Początkowo drewniany. W XV w. był określany mianem kaplicy, co wskazuje na jego małe rozmiary. Spłonął w pożarze Kleparza w 1528 r. Odbudowany został już jako kaplica murowana. Ponownie zniszczony został w 1655 r. Podczas odbudowy zbarokizowany, konsekrowany ponownie w 1667 r. W tym okresie można spotkać się z nazwą kaplicy "moskiewskiej". Spłonął ponownie w pożarze Kleparza w 1755 r. Zburzono go w 1801 r. Teren ten przejęli oo. misjonarze i zbudowali tu kościół św. Wincentego, a w miejscu istnienia starego kościoła znajduje się dzisiaj ogród klasztorny.