Kościół ten znajduje się na Stradomiu, przy ul. Dietla. W 1461 r. powstał tutaj dom św. Agnieszki dla trzeciego zakonu żeńskiego (kobiet świeckich) przy bernardynach (pierwszy w Polsce). W końcu XV w. bulla Piusa V wprowadzająca uroczyste śluby i klauzurę dla tercjarek żyjących wspólnie spowodowała ich konflikt z władzami zakonu (największe zaniepokojenie wywołał fakt, że cały majątek sióstr miał przejść na własność zakonu). Opór w domu św. Agnieszki był skuteczny, bulli nie udało się tutaj wprowadzić w życie, a w Krakowie otwarto nowy dom zakonny przy kościele św. Józefa, w którym zasady bulli już obowiązywały.

Pierwszy, drewniany kościół św. Agnieszki został wzniesiony w drugiej połowie XV w. z fundacji kasztelana sandomierskiego Hinczy z Rogowa. Spłonął w 1476 r. i wówczas wystawiono nowy kościół, tym razem murowany (fundacja biskupa krakowskiego Jana z Rzeszowa). Po kolejnym pożarze (1556 r.) świątynia została odbudowana w 1558 r. staraniem kanonika J. Korzbacha. Po zniszczeniu całego Stradomia w 1655 r. kościół odbudowano w latach 1660-1680 - ponownie konsekrowano go w roku 1681. W 1788 r. prymas Michał Poniatowski zarządził kasatę konwentu, a jego zabudowania wystawiono na licytację, z której dochód otrzymały bernardynki od św. Józefa (tam też przeniosły się tutejsze zakonnice). Budynek kościoła wykorzystywano potem w różnych celach, np. jako magazyn wojskowy. Z czasem trafił w ręce krakowskiej gminy żydowskiej. Po pierwszej wojnie światowej z inicjatywy przeora paulinów o. Paszkiewicza, a pod protektoratem arcybiskupa Sapiehy rozpoczęto akcję na rzecz odzyskania kościoła. Cel osiągnięto w 1926 r., a w 1936 r. kościół został rekonsekrowany jako świątynia garnizonowa. W latach okupacji hitlerowskiej funkcjonował tu niemiecki kościół ewangelicki. W 1988 r. otwarto przy kościele salę tradycji i historii Korpusu Kadetów II RP.

Kościół jest skromny, barokowy, salowy, bez kaplic. Sklepienie kolebkowe. Podczas restauracji w okresie międzywojennym dodano wejście z portalem od strony zachodniej. Wyposażenie jest dwudziestowieczne. W samym kościele spoczywają zwłoki gen. Józefa Hallera.