Franciszkanie przybyli do Krakowa w 1237 r., a więc dwadzieścia lat przed lokacją miasta na prawie niemieckim. Wkrótce rozpoczęli budowę kościoła i klasztoru. Należy w tym miejscu zaznaczyć, że bracia św. Franciszka, w odróżnieniu od starych zakonów mniszych (m.in. benedyktyni, cystersi) nigdy nie zakładali klasztorów w oparciu o wcześniejszą fundację, lecz z polecenia przełożonych udawali się do różnych miejsc, gdzie zgodnie ze swą zakonną Regułą zgłaszali się do miejscowego biskupa, prosząc o pozwolenie na założenie ośrodka duszpasterskiego i głoszenie Ewangelii. Po uzyskaniu takiego pozwolenia, z ofiar składanych przez wiernych i pracą własnych rąk rozpoczynali budowę kościoła i klasztoru. Podobnie miała się rzecz w Krakowie.

Czas powstawania i rozbudowy kościoła przypada na burzliwy okres dwóch najazdów tatarskich (1241 i 1259), które przyniosły wiele zniszczeń i zgliszcz Polsce i miastu. Wiadomo, że w tym czasie istniała już część zabudowań klasztornych, o czym może świadczyć chociażby wytyczenie osi ulicy Brackiej (biorącej nazwę od obecności w tym miejscu Braci Franciszkanów), która kieruje się wprost do transeptu świątyni.

Pierwotnie kościół miał być zbudowany na planie greckiego krzyża, do którego w latach 1260 - 70 dobudowano zakrystię. Niektórzy jednak historycy skłaniają się ku opinii, że franciszkańska świątynia w Krakowie od początku otrzymała dzisiejszy, a późniejsza rozbudowa (w pocz. XV w.) dotyczyła jedynie przedłużenia prezbiterium o odcinek wytyczony dwoma przęsłami sklepienia.

W roku 1269 odbyły się w tym kościele uroczystości pogrzebowe bł. Salomei, siostry księcia Bolesława Wstydliwego. Jej ciało złożono wówczas w prezbiterium. Niektórzy autorzy z powyższą datą łączą również konsekrację świątyni i powierzenie jej opiece św. Franciszka z Asyżu. Wiadomo jednak, że w roku 1249 miała tutaj miejsce kapituła prowincjalna, czyli inaczej zebranie kustoszów, gwardianów i delegatów klasztorów młodej prowincji franciszkańskiej. Oczywistą jest rzeczą, że przy takiej okazji sprawowana była Msza św. Wątpliwe jest, by liturgię w tym czasie odprawiano w kościele nie konsekrowanym. Należy zatem przyjąć, że kościół św. Franciszka został zbudowany i konsekrowany przed rokiem 1249. Jest to jedyny kościół i klasztor w Polsce, przy którym franciszkanie trwają nieprzerwanie od przybycia do chwili obecnej - można nazwać go więc matką wszystkich polskich klasztorów franciszkańskich.

Z pierwotnych zabudowań kościoła zachowało się XIII-wieczne żebrowe sklepienie zakrystii, natomiast sklepienie kościoła uległo zniszczeniu w czasie pożaru w 1462 r. Odbudowano je w nowym kształcie, wykorzystując jednak stare służki. Podobnie zrekonstruowano je po kolejnym wielkim pożarze w 1850 roku.

Piętnasty wiek wiąże się z rozbudową świątyni. Rozpoczęto ją od wspomnianego wyżej przedłużenia prezbiterium (1401 r.) i zamknięcia go od strony wschodniej trójboczną absydą. Dokonano także przebudowy korpusu kościoła ( 1420 36 r.). Ponowna konsekracja świątyni, wraz z kaplicą Bożego Ciała (dziś Męki Pańskiej), której dokonał kardynał Zbigniew Oleśnicki, odbyła się w roku 1436. Wspomniany fakt poświadcza tablica umieszczona na ścianie krużganków.

Wraz z rozbudową kościoła i krużganków ukończone zostały wszystkie zabudowania otaczające je, m.in. kaplicę włoską, kaplicę św. Eligiusza oraz refektarz klasztorny ( zimowy). Natomiast w wirydarzu powstałym z zamknięcia krużganków usytuowano ośmiokątną kaplicę św. Klary, którą rozebrano w 1810 r.

Znaczny wpływ na kształt i wystrój świątyni miały następujące po sobie kolejno pożary. Pożar z 1462 r. spowodował w 1465 r. obsunięcie i zawalenie się wieży na skrzyżowaniu naw; skutki jego wydatnie pomógł usunąć król Kazimierz Jagiellończyk. Następny pożar miał miejsce podczas oblężenia Krakowa przez Szwedów w roku 1655. Spłonął wówczas kościół i część klasztoru. Rekonstrukcja zniszczeń w kościele nadała mu barokowy wystrój, a wnętrze podzielono na nawę i kaplicę (obecnie kaplica Męki Pańskiej). Również sale klasztorne otrzymały wtedy nowoczesny w swym charakterze rysunek sklepień. Ogromne straty przyniósł świątyni wielki pożar w 1850 r. Zniszczeniu uległy wówczas piękne hebanowe stalle bogato inkrustowane srebrem i masą perłową, dwa niezwykle cenne obrazy autorstwa Tomasza Dolabelli z 1613 r. przedstawiające sąd ostateczny oraz Boga zagniewanego na grzeszników, za którymi wstawiają się św. Franciszek i św. Dominik, a także portrety papieży, ołtarze, organy i nagrobki. W pożodze przepadły także bezcenne średniowieczne rękopisy zasobnej w zbiory biblioteki klasztornej.

Obecny wygląd otrzymała franciszkańska bazylika po przeprowadzeniu gruntownej rekonstrukcji. Pracami konserwatorskimi przez wiele lat kierował Władysław Ekielski.

Papież Benedykt XV dnia 23 lutego 1920 roku nadał kościołowi 00. Franciszkanów tytuł bazyliki mniejszej. 

Tekst pochodzi w oficjalnej strony klasztoru: http://www.ofmconv.pl/Bazylika/

główna  galeria